Der Ablauf sieht in der Regel wie folgt aus:
Während der Fahrt zur Beisetzungsstelle wird die Urne in der Kajüte aufgebahrt. Die Beisetzung selbst erfolgt außerhalb der Drei-Meilen-Zone nach den seemännischen Bräuchen. Der Kapitän spricht auch einige Worte des Abschieds. Angehörige können der Zeremonie beiwohnen. Im Schiffstagebuch werden die nautischen Details festgehalten. Eine Seekarte mit den genauen Positionen wird erstellt und später den Angehörigen ausgehändigt.
Da Seebestattungen nur für Urnen vorgenommen werden, gelten die gleichen Bestimmungen wie für eine Feuerbestattung. Weiterhin sollte eine besondere Beziehung des Verstorbenen zur See bestanden haben.
Die Erlaubnis zur Feuerbestattung sowie eine Ausnahme vom Zwang zur Benutzung eines Bestattungsplatzes (als Voraussetzung für die Seebestattung) erteilt die zuständige Ortspolizeibehörde des Einäscherungsortes bzw. Sterbeortes.
Die Erlaubnis, die Urne dem Meer zu übergeben, wird von der Gemeinde erteilt, in der das Bestattungsschiff seinen Heimathafen hat.
Die Erlaubnis zur Feuerbestattung (als Voraussetzung für die Seebestattung) kann nur erteilt werden, wenn
vorliegen.
Die Untersuchung der Leiche ist von einem anderen Arzt als demjenigen, der die Leichenschau durchgeführt hat, vorzunehmen. Über die insoweit zuständigen Ärzte können die Gesundheitsämter Auskunft geben, die für den Sterbeort beziehungsweise Einäscherungsort zuständig sind.