Nach dem Studium der Medizin an der Universität in Zürich war sie zunächst als Assistenzärztin und ab 1971 als Oberärztin in der Chirurgischen Klinik, speziell Kinderchirurgie, im Kantonsspital Zürich tätig. Sie wurde 1975 zur Leitenden Ärztin der Klinik bestellt und erhielt an der Universität Zürich einen Lehrauftrag.
In ihrer anschließenden ärztlichen Tätigkeit im Kantonspital Frauenfeld/Schweiz ließ sie sich in der Handchirurgie ausbilden. 1977 wurde sie vom Verwaltungsrat der damaligen Stiftung Olgahospital zur Chefärztin der Kinderchirurgischen Klinik des Olgahospitals gewählt. Die Kinderchirurgische Klinik mit 53 Betten und den Schwerpunkten Thorax- und Abdominalchirurgie, Neugeborenenchirurgie, viszerale Unfallchirurgie, Kinderurologie und Behandlung von Verbrennungen leitete sie 17 Jahre mit großem Erfolg. Mit großer Mehrheit wurde sie 1992 zur Ersten Ärztlichen Direktorin des Olgahospitals gewählt und hatte diese Funktion bis 1994 inne.
Dr. Margaretha Lehner-Geisser hat die Kinderchirurgische Klinik des Olgahospitals mit großem persönlichen Einsatz aufgebaut und ihren hohen Leistungsstandard geprägt. Dank ihrer herausragenden Fachkompetenz und Kooperationsbereitschaft, verbunden mit großem Einfühlungsvermögen, hat sie sich eine weit über Stuttgart hinausreichende Reputation erworben.