Markus Töpfer wurde am 21. August 1965 geboren. Nach dem Abitur studierte er von 1986 bis 1989 an der Verwaltungsfachhochschule Wiesbaden mit Abschluss Diplom Verwaltungswirt (FH). Von 1989 bis 1997 war er in der Hessischen Landesverwaltung Büroleiter der Verwaltungsfachhochschule Wiesbaden. Danach war er bis 2003 Hauptamtlicher Bürgermeister der Gemeinde Schmitten im Taunus. 2003 wurde er Geschäftsführer der Rhein-Main Deponie GmbH, eine Tätigkeit, die er bis 2018 ausübte. Von 2007 bis 2018 war er außerdem Geschäftsführer der Main-Taunus Recycling GmbH sowie Geschäftsführer der Rhein-Main Deponienachsorge GmbH. Von 2017 bis 2018 war er Geschäftsführer der Biomasse Rhein-Main GmbH.
Seit 2019 ist er im Bereich Strategie- und Managementberatung selbstständig.
Vor dem Gemeinderat sagte Markus Töpfer: „Die Aufgabe der AWS lässt sich in einem Satz zusammenfassen: Die Stadt muss sauber bleiben. Oberstes Ziel ist daher, die vorhandenen Ressourcen – Personal und Material – möglichst effizient und effektiv einzusetzen.“