Von Juli 2012 bis Juli 2019 gehörte sie als Mitglied der Freien Wähler dem Stuttgarter Gemeinderat an und vertrat ihre Fraktion unter anderem im Sozial- und Gesundheitsausschuss, im Internationalen Ausschuss, im Beirat für Gleichstellungsfragen, im Personalbeirat und im Städtebauausschuss.
Bevor sie in den Gemeinderat gewählt wurde, war sie 18 Jahre lang Bezirksbeirätin in Hedelfingen, wo sie den Stadtbezirk als Fraktionssprecherin der Freien Wähler mitgestaltete. Die Stadtbezirke waren Bodenhöfer-Frey besonders wichtig, so setzte sie sich als Betreuungsstadträtin in den Bezirken Mitte, Nord, Ost, Degerloch, Sillenbuch, Wangen und Hedelfingen ein.
Als Betriebswirtin des Handwerks engagierte sich Ilse Bodenhöfer-Frey für kleine und mittelständische Unternehmen. Darüber hinaus ist sie seit vielen Jahren im Gewerbe- und Handelsverein Hedelfingen aktiv. Sie engagiert sich für Flüchtlinge und Bedürftige sowie im Förderverein Schulcampus Hedelfingen.
Ilse Bodenhöfer-Frey lebt in Rohracker, hat zwei erwachsene Söhne und drei Enkelkinder. Für ihre langjährige Tätigkeit im Gemeinde- und Bezirksbeirat verlieh ihr der Städtetag Baden-Württemberg 2014 das Verdienstabzeichen in Silber.