El Departamento de Protección frente a Infecciones e Higiene Ambiental es responsable de la protección frente a infecciones y de la higiene del agua potable y el medio ambiente. Entre sus tareas figuran la identificación, el asesoramiento y el registro de las enfermedades de declaración obligatoria, el control de la higiene de las infecciones en las instalaciones, la coordinación de la red de ERM de Stuttgart, el asesoramiento en materia de vacunación para adultos, la lucha contra las pandemias, la medicina ambiental y el agua potable y la higiene ambiental.