Werner Flad wurde am 15. Mai 1948 in Heidenheim an der Brenz geboren. Nach Beendigung seiner Ausbildung für den gehobenen nichttechnischen Verwaltungsdienst begann er seine Laufbahn bei der Landeshauptstadt 1972 im Amt für öffentliche Ordnung in der damaligen Straßenverkehrsbehörde. 1984 übernahm Flad die Leitung der Dienststelle Umweltschutz, im Mai 1988 wurde er Abteilungsleiter im damals neu gegründeten Amt für Umweltschutz, im August 1999 dessen stellvertretender Amtsleiter. Den Chefposten als Leiter übernahm er am 1. Januar 2011. Flad war 30 Jahre für den Umweltschutz in der Landeshauptstadt tätig, Schwerpunkte seiner Arbeit waren die Erkundung und Sanierung der Altlasten, der Mineral- und Heilquellenschutz, das Brachflächenrecycling, die Luftreinhaltung, der Klimaschutz sowie energetische Themen.
Zudem hat sich Werner Flad viele Jahre in der Ausbildung für den gehobenen nichttechnischen Verwaltungsdienst engagiert. Von 1997 bis 2010 war er Lehrbeauftragter an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen. Darüber hinaus war Flad Mitglied in verschiedenen Gremien, unter anderem in der Fachkommission Umwelt des Deutschen Städtetags sowie im Altlastenforum Baden-Württemberg.