Dr. Fischer arbeitete seit 1977 als Bezirkskinderärztin und übernahm im darauf folgenden Jahr die Leitung des Kinder- und Jugendärztlichen Dienstes. 1984 wurde sie vom Gemeinderat zur Leiterin des Gesundheitsamtes gewählt. Sie war zu diesem Zeitpunkt die ranghöchste Frau in der Stadtverwaltung.
Dr. Fischers besonderes Interesse galt der Aidsaufklärung und Aidsprävention. Sie engagierte sich für die Einrichtung der Aidsberatungsstelle und war Mitglied des Nationalen Aids-Beirats des Bundesministeriums für Gesundheit. Während Dr. Fischers Amtszeit ereignete sich 1986 der Atomunfall in Tschernobyl, in dessen Folge das Gesundheitsamt vor der Aufgabe stand, die Bevölkerung umfassend zu informieren und aufzuklären.
Unter Dr. Fischers Leitung hat sich das Gesundheitsamt zu einem modernen Dienstleistungsbetrieb für die Bürgerinnen und Bürger entwickelt. Dr. Dorothee Fischer trat 2005 in den Ruhestand.