Der Diplom-Ingenieur leitete von 1986 an zunächst das Gartenbauamt der Stadt Stuttgart, das unter seiner Führung 1995 mit dem Friedhofsamt und 2006 mit dem Forstamt zum heutigen Garten-, Friedhofs- und Forstamt fusionierte.
Werner Koch schloss nach seiner Gärtnerlehre eine Meisterausbildung ab und studierte Landespflege an der Fachhochschule in Freising-Weihenstephan. Nach verschiedenen beruflichen Stationen wurde er 1986 zum neuen Leiter des Gartenbauamts gewählt. In seiner Amtszeit wurde im Rahmen der Internationalen Gartenschau IGA 93 durch die Grünflächen am Wartberg und dem Leibfriedschen Garten eine „grüne“ Verbindung“ zwischen dem Höhenpark Killesberg, dem Rosensteinpark und dem Schlossgarten geschaffen. Auch die Idee des heute noch als Sehenswürdigkeit bekannten Projekts in der Panoramastraße geht auf den ehemaligen Amtsleiter zurück: Der Chinagarten. Und unter seiner Leitung wurde Stuttgart die erste Stadt Deutschlands, die Dachbegrünungen als Beitrag für ein besseres Stadtklima förderte – und dies bis heute tut.
Weitere Schwerpunkte seiner fachlichen Arbeit waren Programme zur Umgestaltung von Rasen- und Gehölzflächen in natürliche Blumenwiesen, die Renaturierung des Neckarufers und Anlieger-Nutzerbeteiligungen. Auch international unterstützte er zahlreiche Projekte mit Städten wie Cervia (Italien), Kairo und Cardiff sowie durch die erfolgreiche Teilnahme an Wettbewerben der Garten- und Stadtgestaltung wie die Entente Florale oder Nations in Bloom.
Parallel forderte die Leitungsposition im Garten-, Friedhofs- und Forstamt eine stetige Anpassung der Verwaltungs- und Organisationsstruktur, die zum einen durch wachsende Anforderungen, zum anderen durch die Integration des bis dahin selbstständigen Friedhofsamts und des Forstamts einhergingen.
Besonderes Anliegen von Werner Koch war die Arbeit in nationalen Fachgremien als Präsident der Deutschen Dahlien-, Fuchsien- und Gladiolen-Gesellschaft, aber auch in der Gartenamtsleiterkonferenz, als Vorsitzender des Arbeitskreises Friedhöfe, des Unfallverhütungsbeirats, der Berufsgenossenschaft wie auch der International Federation of Parks und Recreation Administration (IFPRA).
Im Februar 2011 hat der damalige OB Dr. Wolfgang Schuster den Amtsleiter in den Ruhestand verabschiedet. Diesen widmete Koch unter anderem seinem Interesse an der Friedhofskultur. Er gründete ein Beratungsbüro für Friedhofsentwicklung und schrieb das Buch „Stuttgarter Friedhofsführer“ über prominente Persönlichkeiten auf Stuttgarter Friedhöfen.
Im selben Jahr übernahm Werner Koch den Vorsitz des Verkehrsvereins Pro Stuttgart, der vor allem für die Organisation und Umsetzung des Stuttgarter Weindorfs über die Stadtgrenzen hinaus bekannt ist. Dieses Amt bietet dem durchsetzungsstarken Ruheständler ein vielfältiges Aufgabenspektrum und lässt keine Zeit für Langeweile.