Nach Beendigung seiner Ausbildung für den gehobenen nichttechnischen Verwaltungsdienst begann er 1972 seine Laufbahn bei der Landeshauptstadt im Amt für öffentliche Ordnung in der damaligen Straßenverkehrsbehörde. 1984 übernahm Flad die Leitung der Dienststelle Umweltschutz, im Mai 1988 wurde er Abteilungsleiter im damals neu gegründeten Amt für Umweltschutz. Ab August 1999 übernahm er die stellvertretende Amtsleitung und ab dem 1. Januar 2011 die Leitung des Amts für Umweltschutz, die er bis zum 31.12.2014 inne hatte.
Werner Flad hat sich viele Jahre in der Ausbildung für den gehobenen nichttechnischen Verwaltungsdienst engagiert. Von 1997 bis 2010 war er Lehrbeauftragter an der Eberhard‐Karls‐Universität Tübingen. Darüber hinaus war Flad Mitglied in verschiedenen Gremien, unter anderem in der Fachkommission Umwelt des Deutschen Städtetags sowie im Altlastenforum Baden‐Württemberg.