Отдел инфекционной защиты Департамента инфекционной защиты и гигиены окружающей среды отвечает за Контроль инфекционной гигиены в учреждениях, консультации по вопросам инфекционной защиты и гигиены, координация работы Штутгартской сети по борьбе с мультирезистентными патогенами (MRE network Stuttgart), расследования и меры в отношении регистрируемых заболеваний, планирование пандемий, просвещение населения об опасности инфекционных заболеваний, выполнение закона о защите от кори, проверка свидетельств о смерти и передача их в Государственное статистическое управление и регистр рака.