In der Abteilung Infektionsschutz und Umwelthygiene befinden sich die Sachgebiete Infektionsschutz und Trinkwasser- und Umwelthygiene. Zu ihren Aufgaben gehören u. a. die Infektionshygienische Überwachung von Einrichtungen, Koordination des Stuttgarter MRE-Netzwerkes, Ermittlungen und Maßnahmen bei meldepflichtigen Erkrankungen, Tuberkulosebekämpfung, HIV/STI - Beratungsstelle.