In der Abteilung Infektionsschutz und Umwelthygiene befinden sich die Sachgebiete Infektionsschutz und Trinkwasser- und Umwelthygiene. Zu ihren Aufgaben gehören u. a. die Ermittlung, Beratung und Erfassung meldepflichtiger Erkrankungen, die infektionshygienische Überwachung von Einrichtungen, Koordination des Stuttgarter MRE-Netzwerkes, die Impfberatung für Erwachsene, die Pandemiebekämpfung, die Umweltmedizin und die Trinkwassser- und Umwelthygiene.